El primer projecte que farem serà sobre plantes medicinals i medicaments amb l'objectiu de fer una taula interactiva que contingui informació fiable sobre medicaments a base de plantes utilitzant fonts confiables.
Fent els següents experiments, amb un exemple contra la covid, concretament, amb el medicament nirmatrelvir:
Els projectes que farem seran:
Experiments amb ordinador Per exemple, jo puc utilitzar un programa anomenat "chimeraX" que permet
calcular la força d'unió entre un medicament i una proteïna importaant. Per exemple perque es multipliqui el virus de la covid es necessari la proteína que s'anomena proteasa principal. Si bloquejo proteína no n'hi ha covid, la bloqueja un composy anomenat nirmatevlit
Experiments amb animals Per exemple, investigar la covid puc infectar pel nas hàmsters nans de Roborovski i Fures famelles i observar com el hàmster atura la infeccio tal com explica aquest article
Estudis clinícs amb humans Donem el medicament al ail·lers de pacients de voluntaris sans per comprovar que no és tòxic i després a millers a paciets com en
Plantes medicinals i medicaments
Mapa d'imatge
Circuit de fórmula 1
Calendari amb fets històrics
PROJECTE: RECERCA DE NOUS FÀRMACS PER ORDINADOR
Pujar arxius amb el vostre fàrmac, els 6 ginkgòlids i la vostra proteïna a http://swissdock.ch/docking# recordeu la proteina en format pdb i els fàrmacs o ginkgolids en format mol2 (ginkgòlids en mol2 annexes). Recorda que pots preparar els productes amb Avogadro, Chimera, ChimeraX amb DockPrep, Add H, Add 3D i "sdf convert to mol2 online" o "mol convert to mol2.online"
Baixar per cada docking 3 resultats del mail de swissdock que caduquen en 7 dies: arxiu csv, arxiu zip i arxiu openchimera i guardar els 3 arxius en una carpeta amb el nom de la proteina i el nom de cada producte per exemple en una carpeta CodiPDB_NomFarmac com 1EEA_GinkgolideB
Pujar tots els csv obtinguts de swissdock per obtenir els resultats finals per obtenir gràfics i saber si els ginkgòlids tenen activitat semblant al vostre fàrmac https://colab.research.google.com/github/drfperez/DeepPurpose/blob/main/SwissdockAnalysisOK.ipynb
Treure conclusions dels gràfics obtinguts amb el codi del professor de la vostra proteina diana i el vostre fàrmacs de referència i posar les imatges obtingudes dels gràfics en la vostra web de neocities responent a moltes preguntes Per quina malaltia i per quin mecanisme la unió del fàrmac a la proteïna té un efecte terapèutic? Els ginkgòlids provats tenen activitat in silico (docking molecular) en el vostre model? Quin compost és més actiu? Després de la recerca in silico que heu fet en que consisteix la recerca in vitro, in vivo i estudis clínics?
To learn more HTML/CSS, check out these tutorials!
